Tata cara asesmen PeGI adalah sebagai berikut:

Satu. Setiap K/L menerima informasi tentang persiapan yang perlu dilakukan, meliputi kriteria penilaian, data pendukung dan pengiriman wakil berkompeten.
Dua. Setiap L/L mendapat penjelasan lebih rinci mengenai tata cara asesmen dalam sesi penjelasan.
Tiga. Asesmen dilakukan terhadap indikator yang dapat diperlihatkan, dijelaskan, diperiksa dan dinilai selama asesmen.

Dari dimensi Kelembagaan dan Infrastruktur, peringkat BAPETEN berada di atas rata-rata LPNK yang lain,  dimensi Kebijakan bernilai "Kurang", sementara untuk dimensi Aplikasi dan Perencanaan berada pada range rata-rata nasional. Secara keseluruhan, Peringkat I sampai dengan III untuk Kategorri LPNK Tahun 2013 adalah:

Peringkat I: Badan Pengawas Obat dan Makanan
Peringkat II: Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia
Peringkat III: Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi

Berdasarkan pemeringkatan ini dan tinjauan ICT policy paper 2013, BAPETEN tengah melakukan langkah-langkah agar pelaksanaan e-Government sesuai dengan prinsip-prinsip pengembangan TIK nasional. Beberapa kegiatan yang mengarah pada perbaikan TIK antara lain:

1. Dimensi Kebijakan: mengedepankan TIK secara eksplisit dan visi dan misi lembaga 2015-2019 serta menetapkan prioritas pengembangan TIK.
2. Dimensi Kelembagaan: merancang tata kerja yang implementatif, termasuk peningkatan kompetensi SDM TIK.
3. Dimensi Infrastruktur: pemeliharaan dan penataan data center, keamanan informasi dan Disaster Recovery Planning.
4. Dimensi Aplikasi: perluasan cakupan dokumentasi sistem dan aplikasi dan interoperabilitas antar sub sistem.
5. Dimensi Perencanaan: menetapkan Masterplan IT 2015-2019 sebagai rencana induk TIK yang mengacu pada Renstra BAPETEN dan Biro Perencanaan.