Tantangan Lembaga tersebut adalah pengawasan keselamatan radiasi pada berbagai fasilitas kesehatan ataupun industri sesuai dengan perkembangan peraturan yang ada; pengawasan keamanan zat radioaktif; pengawasan keselamatan nuklir, terutama terkait dengan penuaan instalasi nuklir; pengawasan untuk peningkatan keamanan bahan nuklir dan implementasi seifgard; dan pengembangan sistem kesiapsiagaan nuklir.

Selain itu juga terdapat 5 hal yang perlu mendapat perhatian untuk terus ditingkatkan kualitas pelaksanaannya. Kelima hal tersebut adalah: pertama, pelayanan prima pada perijinan harus diwujudkan tanpa mengesampingkan faktor keselamatan nuklir-nya; kedua, pelaksanaan inspeksi keselamatan nuklir terkait dengan etika dalam melaksanakan tugas; ketiga tentang keteknikan dimana pengelolaan berbagai peralatan yang telah dimiliki perlu diselenggarakan dengan sebaik-baiknya; keempat kerjasama institusi mutlak perlu dilakukan dengan baik dalam kesiapsiagaan nuklir dan kelima, peningkatan kapasitas SDM sehingga keempat hal sebelumnya dapat dilaksanakan dengan optimal.

Hal tersebut ditegaskan oleh Kepala BAPETEN, As Natio Lasman saat melantik Pejabat Eselon I yang baru yaitu Martua Sinaga sebagai Deputi Perijinan dan Inspeksi pada Jumat (6/3) di Auditorium BAPETEN, Gedung B Lantai 8. Acara pelantikan tersebut merupakan tindak lanjut dari ditetapkannya Keputusan Presiden RI Nomor 17/M Tahun 2009 tertanggal 27 Februari 2009 di mana Deputi Perijinan dan Inspeksi sebelumnya, Suhartono Zahir telah memasuki masa pensiun sejak 1 November 2008.

Martua Sinaga sebelum menduduki Deputi PI, beliau mejabat sebagai Direktur Direktorat Perijinan Fasilitas Radiasi dan Zat Radioaktif BAPETEN. Upacara pelantikan dan pengambilan sumpah Deputi PI ini dihadiri oleh para pejabat Eselon I, II dan III di lingkungan BAPETEN, Dharma Wanita Persatuan BAPETEN, saksi - saksi yaitu Sekretaris Menteri Negara Riset dan Teknologi, Benjamin Lakitan, Sekretaris Utama Badan Standarisasi Nasional, Amir Partowiyatmo. Hadir dalam kesempatan ini para Kepala LPND dan Sekretaris Utama LPND di lingkungan Kementerian Negara Riset dan Teknologi.